5月12日下午，四川汶川發生強烈地震，給當地群眾生命財產造成重大損失，水產養殖業在此次地震中遭受重創。中心全體職工積極響應黨中央、國務院號召，密切關注災情發展，心系災區人民，踴躍捐款。決心以實際行動，做好本職工作，隨時聽從組織召喚，投入防疫減災和科技救災工作。
5月23日，中心召開了所領導與各研究室、有關部門負責人參加的會議，組織和部署抗震救災工作。號召相關部門和專家做好災后恢復生產的各項準備工作，利用中心在淡水養殖領域的技術優勢，公布專家熱線電話，向災區提供技術咨詢，在《科學養魚》雜志和中心網站上發布。積極與四川省漁業部門保持聯系，了解漁業損失情況，組織專家隨時準備赴地震災區參與漁業災后重建和恢復生產。中心與四川省水產研究所有良好的合作關系，雙方已達成共識，共同提出災后恢復生產科研項目，并抓緊組織實施。中心與通威集團有長期科研合作關系，這次四川通威公司德陽基地養殖設施在地震中損失嚴重，中心決定將該基地的部分試驗項目轉移到中心的實驗基地進行，為此我中心的宜興基地已做好了充分準備。中心的科技入戶專家也已將“地震災后水產養殖恢復生產技術明白紙”提供給災區。
另外，今年春天以來通過綜合治理和引江濟太工程，太湖水質有了明顯改善。但隨著入夏天氣轉熱，藍藻在太湖局部地區已開始聚集，目前無錫的太湖藍藻打撈工作已經在一些區域展開。中心領導要求有關研究室積極行動起來，采取科學有效的措施應對太湖藍藻，做好太湖水質監測和預報，及時向院和有關部門通報進展情況，為太湖藍藻爆發的預警和生態恢復作出積極貢獻。