中國水產科學研究院淡水漁業研究中心系農業農村部（原農業部）所屬綜合性淡水漁業研究機構。前身為“太湖水產增殖科學實驗基地”、“亞太地區綜合養魚研究和培訓中心”，1978年建立于無錫。因單位撤并及隸屬關系，先后有“國家水產總局長江水產研究所”、“中國水產科學研究院長江水產研究所”等多個稱謂，1984年改為現稱?！鞍宋濉币詠硪恢蔽涣小叭珖r業科研綜合實力百強研究所”。2002年11月，被國家科技部、財政部和中編辦確定為非營利性科研機構，進入國家科技創新體系。
現有在職在編職工195人，其中高級專業技術人員78人，博士生導師11人、碩士生導師43人，享受國務院政府特殊津貼、國家“百千萬人才工程”人選及國家和省部級突貢專家26人，全國農業科研杰出人才4人、全國農業科研杰出團隊3個，國家現代農業產業技術體系首席科學家2人、崗位科學家11人，中國水產科學研究院首席科學家4人、優秀科技創新團隊8個，江蘇省“333高層次人才培養工程”人選8人，水科院中青年拔尖人才5人、科技英才34人。
中心設有生物技術研究室、漁業環境保護研究室、水生生物資源研究室、水產養殖研究室、水產病害與飼料研究室、漁業經濟和信息研究室、水產遺傳育種研究室、淮河流域漁業生態保護研究中心等8個研究室；此外，還設有南泉、陽山、大浦、揚中和靖江5個科研實驗基地。依托中心各學科組建了農業農村部淡水漁業與種質資源利用重點實驗室、農業農村部稻漁綜合種養生態重點實驗室、農業農村部水產品質量安全環境因子風險評估實驗室（無錫）、國家級CMA認證檢驗檢測中心、水產養殖動物營養與健康重點實驗室、農業農村部長江下游漁業資源監測站、農業農村部長江下游漁業生態環境監測中心、農業農村部新漁藥臨床中心指定單位、農業農村部飼料和飼料添加劑有效性試驗機構、農業農村部長江流域魚類遺傳育種中心、農業農村部羅非魚遺傳育種中心、農業農村部青蝦育種創新基地、農業農村部長江下游漁業資源環境科學觀測實驗站、農業農村部水產動物營養與飼料科學觀測實驗站、中國水產科學研究院稻漁綜合種養工程技術研究中心和江蘇省省級青蝦良種場等部（?。?、院級重點實驗室、研發中心、野外臺站等。
建所40年來，中心在淡水水產生物技術和遺傳育種、漁業資源和環境、淡水增養殖、水產病害與飼料等領域先后承擔和完成了3000余項國家和省部級的研究課題，獲得科研獎勵成果240余項，其中國家級獎勵11項、省部級獎勵80多項；培育了建鯉、奧尼羅非魚、“夏奧1號”奧利亞羅非魚、雜交青蝦“太湖1號”、福瑞鯉、吉富羅非魚“中威1號”、中華絨螯蟹“諾亞1號”、福瑞鯉2號、青蝦“太湖2號”、滇池金線鲃“鲃優1號”、暗紋東方鲀“中洋1號”、建鯉2號、青蝦“太湖3號”、紅羅非魚“中恒1號”、烏鱧“玉龍1號”、環棱螺“蠡湖1號”、長吻鮠“ 川江1號”、中華絨螯蟹“陽澄湖1號”、黑鯛“蘇海1號”19個國家級水產養殖新品種；發表學術論文4000多篇，出版專著130多部，獲授權國家專利500多項。特別是“十五”以來，中心根據國家經濟建設和科技創新的需求，不斷完善學科布局和加強科技人才隊伍建設，在水產養殖基礎生物學和遺傳育種、生物多樣性保護與種質資源保存、漁業生態環境監測與保護、漁業資源調查評估與管理、漁業重大病害預警與控制、水產養殖容量和健康養殖、水產養殖對象營養學和漁業經濟信息等領域開展了許多創新性的研究，取得了一系列重要成果，為我國漁業科學事業發展和漁業經濟建設做出了突出貢獻。中心貫徹落實“長江大保護”精神和農業農村部拯救長江江豚行動計劃，積極介入長江江豚保護研究領域，以安慶西江長江江豚遷地保護區為重要平臺，加強長江江豚保護研究，為長江流域水生生物資源和生態環境保護提供技術支撐。
中心服務于國家外交事業和農業走出去戰略，跟蹤世界漁業科技發展前沿，積極開展多渠道、寬領域、全方位、多形式的科技交流與合作，開拓新興科技領域，不斷提高科技創新能力。先后派出多批科技人員赴40多個國家及地區交流訪問和合作研究，與30多個國際組織、知名漁業研究機構及大學開展長期交流與合作，建立了聯合國糧農組織（FAO）水產養殖及內陸漁業研究培訓參考中心、國際水產遺傳改良分中心、中澳水產遺傳改良中心、中匈魚類免疫藥理學國際聯合實驗室和中美淡水貝類種質資源保護及利用國際聯合實驗室等國際科技合作平臺。作為中心重要組成部分的亞太地區綜合養魚研究和培訓中心，自1981年起連續承擔國家援外技術和官員培訓項目，已為134個國家和地區培訓了8160多名水產技術和管理人才。中心積極響應國家“一帶一路”倡議，已為46個“一帶一路”沿線國家培養3200多名高級漁業人才。2017年，中心被認定為全國首批農業對外合作科技支撐與人才培訓基地；2018年，中心獲評“中國政府—FAO南南合作特別貢獻單位”。2021年，中心獲批首批“中非現代農業技術交流示范和培訓聯合中心”。
中心與南京農業大學在長期聯合辦學的基礎上，經原國家教委和農業部（現農業農村部）批準于1993年成立“南京農業大學無錫漁業學院”，隸屬于南京農業大學動物科學學部，是國內最早進行校所聯合辦學、協同育人的成功實踐。辦學多年來，學院積極發揮聯合辦學雙方優勢，特別是充分發揮合作辦學科研及平臺的優勢、產業及實踐基地的優勢、本碩博貫通培養人才的優勢、國際合作及交流的優勢等四大優勢，長期堅持“產學研相結合、農科教一體化”辦學方向，學院已發展成為人才培養體系完善、水產專業優勢明顯、聯合辦學特色鮮明的研究型學院。學院現設有水產養殖學本科專業，水產養殖、漁業資源和漁業發展碩士專業和水產、水生生物學博士專業。
學院現有國家級一流本科專業建設點（水產養殖學）,國家水產博士一級學科點，擁有2個博士授權點、3個碩士學位授權點、1個水產博士后科研流動站和3個企業博士后科研工作站，并從2011年開始招收留學生，具有完善的本、碩、博為一體的人才培養體系。2011年，“中國水產科學研究院研究生中心”依托學院揭牌成立。2017年，學院入選首批全國新型農民培育示范基地。如今，學院已發展成為人才培養體系完善、水產專業優勢明顯、聯合辦學特色鮮明的研究型學院。
館藏中外文圖書、期刊3萬余冊，編輯出版專業刊物《科學養魚》。
中心的發展目標是建設成為我國漁業科技創新基地、高層次人才培養基地、高新技術成果轉化基地和國際漁業科技交流與合作中心。
