淡水漁業研究中心在承擔國家、省部等科研任務外，同時力爭科研為所在地方經濟服務。依據無錫市“打太湖牌，建山水城”的城市發展戰略，在蠡湖地區于2002年起實施了生態保護修復和水環境治理綜合措施的基礎上，提出“十一五”期間為無錫市的“城中湖”—五里湖實施“凈水漁業”項目，這是一項治湖的“內源性方法”，與正在實施的“外源性方法”同步，會取得明顯成效。擬通過“凈水漁業”技術達到提高水體自凈能力、改善水質、改善景觀、保護生物多樣性、進而建立有機水產品的種質產業基地，重建五里湖的水生生態系統，該項目總經費800萬元人民幣。“五里湖凈水漁業技術研究與示范”項目經無錫市發展和改革委員會批準，由無錫市農林局、中國水產科學研究院淡水漁業研究中心聯合承擔，項目負責人為農林局楊立強局長，首席專家為淡水中心主任徐跑研究員，該項目已正式啟動。 本項目以現代生態學理論為基礎，根據水體特定的環境條件，以保護水環境為目的，通過選擇適當的魚、蝦、貝類進行人工放養，修復該水域被破壞的水生動物群落組成，增強水體自凈能力，保障生態平衡，從而達到既保護水環境，又能充分利用水體的漁產力的一種漁業生產方式 。其關鍵技術是對五里湖的生態評估與養殖容量確定、生物多樣性保護規劃的制定、凈水漁業生物品種確定、物種遺傳性與種質的保護技術和科學管理等，目前正在進行調查和篩選凈水水生生物品種、檢測五里湖生物多樣性現狀等方面的工作。