1、水產健康養殖和設施漁業研究
水產健康養殖研究：重點研究養殖水域營養動力學和水動力學與養殖容納量的關系，建立水域能量收支交換與個體、群體營養需求模型，估算特定水域某個或幾個養殖種類的容納量；研究不同養殖方式單養品種和多元養殖品種結構、養殖水域生態要素對養殖生物生長、生理變化及行為的影響，養殖系統中的能量交換及物質轉化效率，水環境控制及生物降解技術，健康養殖品種及健康生理指標；及池塘養殖系統的改造、養殖環境的生態調控和優化和綜合生態養殖技術等，為養殖業的持續健康發展提供科學依據。
設施漁業研究：重點研究淡水優質養殖對象及苗種培育的工廠化養殖新技術、新方法，解決其相關的養殖工藝、水質控制和凈化處理、增溫、自動控制等工藝及設備，研究相應的高效、低污染飼料。
2、特種水生動物繁殖技術研究
重點研究地方特種水生經濟動物及國外引進品種的繁殖生態學和繁殖生理學，包括對環境的要求、繁殖時間、性腺發育規律及生殖調控等，為人工繁殖提供理論依據。研究特種水生動物的人工繁殖技術，包括親本的培育、性腺成熟的鑒別及控制、人工催產、孵化等技術；研究苗種規模化培育及培育中水體生態環境、水質理化指標監控、稚幼魚餌料、病害防治等技術。
