日前，由淡水漁業(yè)研究中心徐跑研究員領(lǐng)銜的“長(zhǎng)江重要種質(zhì)資源評(píng)估與保護(hù)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)”，聯(lián)合深圳華大基因簡(jiǎn)建波研究員團(tuán)隊(duì)在洄游型刀鱭遺傳資源解析方面取得新進(jìn)展。
團(tuán)隊(duì)結(jié)合牛津納米孔技術(shù)(ONT)超長(zhǎng)和PacBio HiFi(高保真度)數(shù)據(jù)，借助高通量染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)(Hi-C)，獲得了高連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性的刀鱭無間隙基因組。無間隙全基因組組裝的結(jié)果能夠解析刀鱭的全面遺傳信息，為刀鱭的進(jìn)一步分子研究提供遺傳學(xué)基礎(chǔ)。
團(tuán)隊(duì)對(duì)來自江蘇泰州段的洄游型刀鱭Coilia nasus進(jìn)行了無間隙基因組組裝，利用PacBio HiFi(～43×)、ONT ultra-long(～100×)及Hi-C(～100×)技術(shù)組裝得到首個(gè)0 gap的刀鱭完整基因組。該基因組大小為851.67 Mb，contig N50達(dá)到35.42 Mb，BUSCO為92.5%。注釋共獲得21971個(gè)基因，重復(fù)序列占比為45.17%。
相關(guān)成果論文“Gap-free genome assembly of anadromous Coilia nasus”發(fā)表在期刊《Scientific Data》上。南京農(nóng)業(yè)大學(xué)馬鳳嬌博士、淡水中心王銀平副研究員、華大基因蘇碧秀博士和趙辰曦博士為共同第一作者，淡水中心徐跑研究員、殷國(guó)俊研究員、劉凱研究員和華大基因簡(jiǎn)建波研究員為通訊作者。
論文全文地址：https://www.nature.com/articles/s41597-023-02278-w
（淮河流域漁業(yè)生態(tài)保護(hù)研究中心 供稿）
