淡水漁業(yè)研究中心董在杰研究員領銜的魚類育種團隊繼在羅非魚體色分化和調(diào)控研究上取得系列進展后，近日，又在錦鯉的體色調(diào)控研究上取得新進展。
在江蘇省第五期“333工程”科研資助項目和中國水產(chǎn)科學研究院院級基本科研業(yè)務費專項等項目的資助下，董在杰研究員帶領團隊開展錦鯉不同皮膚組織microRNA及其功能分析和lncRNA及mRNA鑒定，進行錦鯉體色調(diào)控相關基因挖掘、關鍵調(diào)控基因的功能及通路研究。針對錦鯉體色分化和變異，通過RNA-seq技術，對錦鯉不同顏色（黑、紅、白）皮膚miRNA、lncRNA及mRNA特征進行了研究，篩選到顯著差異表達的164個miRNA、92個lncRNA和722個mRNA；miRNA靶基因及功能分析發(fā)現(xiàn)如miR-200b，miR-206等通過靶向黑色素合成、Wnt、MAPK等通路中Mitf，Mc1r，Foxd3等關鍵基因而發(fā)揮作用；70個顯著差異的lncRNA預測到107個順式（Cis）靶基因，79個lncRNA與41,625個靶基因存在反式（Trans）相關；差異表達lncRNA及mRNA功能注釋富集到色素沉積、細胞分化調(diào)控、細胞遷移等過程；黑色素合成、酪氨酸酶代謝、視黃醇代謝等通路。
研究結果豐富了體色調(diào)控相關基因組文庫，有助于深入揭示魚類體色形成分化的分子機制，促進魚類優(yōu)良性狀的篩選和品系繁育。相關研究成果相繼在《BMC Genomics》上發(fā)表，全文網(wǎng)址分別為https://doi.org/10.1186/s12864-018-5189-5和https://doi.org/10.1186/s12864-019-5894-8。
17個已知保守miRNA的熱圖聚類分析
與三種顏色分化調(diào)控相關的通路
三色顏色皮膚組織中差異表達的lncRNA及mRNA
不同顏色皮膚中差異表達lncRNA和mRNA分析。
（a）三個組合差異表達lncRNA維恩圖；（b）三個組合差異表達的mRNA維恩圖；
（c）差異表達的lncRNA聚類熱圖（紅色代表高表達、綠色代表低表達）；（d）差異表達的mRNA聚類熱圖。
lncRNA-mRNA互作網(wǎng)絡圖
（水產(chǎn)遺傳育種研究室 供稿）
