一、漁業重大病害災變預警與控制
重點開展漁業重大疾病病原生物學及流行病學研究，建立水產養殖病原診斷與監測技術和水產養殖病原生物資源鑒定及庫集技術，探索養殖動物應激機制及調控技術、創制新型綠色漁藥。
重點研究方向：
水產動物應激疾病及機理；
嗜水氣單胞菌、柱狀黃桿菌等病原菌致病機理及耐藥性機制；
粘孢子蟲、小瓜蟲和絳蟲等寄生蟲病病原生物學及防控技術；
鯉皰疹病毒分子流行病學及防控技術；
抗病中草藥、免疫增強劑和微生物制劑研發；
疾病快速診斷和病原檢測技術。
二、水產動物營養與飼料
重點開展主要水產養殖品種生長、發育、繁殖階段的營養需求、代謝與免疫調控等研究，建立水產養殖動物腸道健康調控、應激調控、品質調控、精準投喂等技術體系，開發綠色新型飼料，促進產業的健康發展。
重點研究方向：
水產動物營養、應激與表觀遺傳調控機理；
水產動物營養、代謝與品質調控的機理；
水產動物營養、免疫與腸肝健康的調控機理；
水產動物環境營養學與精確的飼料投喂技術；
綠色飼料添加劑與新型飼料研制及有效性評價。