福瑞鯉是由中心水產遺傳育種研究室副主任董在杰研究員帶領的研發團隊以選育的建鯉和野生黃河鯉作為基礎選育群體，借助無線射頻電子標記(PIT)技術，運用數量遺傳學最佳線性無偏預測(BLUP)分析和家系選育等綜合育種新技術，經過多年培育而獲得的鯉新品種。2011年4月獲得了水產新品種證書，品種登記號：GS-01-003-2010。
選育過程中，每代設計、配對80~90個選育家系和20個對照家系(實際可生產60~85個選育家系和12~19個對照家系)，每個家系取50尾魚進行PIT標記，同時測量每尾魚的體重、體長、體高和體厚等數據。標記好的魚在室內水泥池暫養3~5天后，全部放入室外的一個5畝土池中進行培育。養至成魚后，起捕測量每尾魚的數據。根據BLUP法運用軟件設計適宜的動物模型，以體重為主要指標，對各個家系中的鯉魚個體的育種值進行估算。將雌、雄魚按育種值從高到低排序，選取育種值排名靠前并且親緣關系較遠(近交系數較小)雌、雄魚各90尾，設計下一代選育系的親本配對方案，同時選取接近平均育種值(~0)且親緣關系較遠的雌、雄魚各20尾，作為下一代對照系的親本。按得到的親本配對方案建立下一代的家系，進行下一代選育。該育種核心技術的兩個關鍵技術為：(1)運用動物模型的BLUP法進行鯉魚育種值的估算。估算育種值是個體育種值的一個估計，表示該個體作為父母的種用價值。對給定性狀，有最好育種值的個體所生產的后代在該性狀上具有較高的期望育種值，因而估算育種值是有效的選擇工具。(2)PIT個體標記技術。通過PIT標記，建立了完整、清晰的家系系譜，因此在育種過程中避免了近親交配引起的種質衰退。
經過連續幾年在山東、江蘇、四川、云南、河南、吉林、寧夏、重慶等地進行了生產性養殖對比試驗，福瑞鯉的生長性狀良好，同其他鯉養殖品種相比，福瑞鯉具有生長快、體型好、餌料系數低等特點，適合池塘、網箱等多種養殖方式。福瑞鯉的生長速度比一般鯉魚品種快20%以上，體長/體高約3.65，是廣大養殖戶喜愛的長體型。
