2011年7月8日，農(nóng)業(yè)部農(nóng)科教發(fā)〔2011〕8號文確定了由30個“學(xué)科群”組成的農(nóng)業(yè)部重點實驗室體系布局。30個重點實驗室學(xué)科群中，水產(chǎn)領(lǐng)域有2個，其中“淡水漁業(yè)與種質(zhì)資源利用”學(xué)科群依托中國水產(chǎn)科學(xué)研究院淡水漁業(yè)研究中心。
學(xué)科群設(shè)淡水漁業(yè)與種質(zhì)資源利用綜合性重點實驗室1個，淡水水產(chǎn)生物技術(shù)與遺傳育種、淡水生物多樣性保護(hù)、熱帶亞熱帶水產(chǎn)資源利用與養(yǎng)殖、淡水生物繁育、淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源和淡水漁業(yè)健康養(yǎng)殖6個專業(yè)性重點實驗室，大宗淡水魚類繁育與健康養(yǎng)殖技術(shù)1個企業(yè)重點實驗室和黑龍江流域、長江中上游、長江下游、珠江中下游、黃河中上游、黃河下游、北方地區(qū)、湖泊和西北地區(qū)漁業(yè)資源環(huán)境9個科學(xué)觀測實驗站。另有漁用藥物創(chuàng)制、水產(chǎn)品加工和漁業(yè)裝備與工程技術(shù)3個跨學(xué)科群重點實驗室和水產(chǎn)動物營養(yǎng)與飼料1個跨學(xué)科群科學(xué)觀測實驗站加入本學(xué)科群。本學(xué)科群共有1個綜合性重點實驗室、10個專業(yè)性重點實驗室和10個科學(xué)觀測實驗站，涉及農(nóng)業(yè)部直屬單位、部屬農(nóng)業(yè)高校、省級科研教學(xué)單位和產(chǎn)業(yè)化龍頭企業(yè)16個，固定人員600余名。
學(xué)科群的定位根據(jù)國家科技發(fā)展戰(zhàn)略，按照現(xiàn)代漁業(yè)發(fā)展需求，圍繞制約產(chǎn)業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵問題，承擔(dān)國家重大科研任務(wù)，培育重要科技成果，加強人才培養(yǎng)和團(tuán)隊建設(shè)，創(chuàng)新組織管理與運行機制，促進(jìn)開放合作，提升基礎(chǔ)條件，將學(xué)科群打造成開展科技創(chuàng)新、培育創(chuàng)新成果、凝聚高水平人才的重要基地。發(fā)展建設(shè)目標(biāo)針對產(chǎn)業(yè)發(fā)展的科技需求，提出重大科學(xué)問題，凝練科研目標(biāo)，爭取國家重大科技計劃，組織開展基礎(chǔ)性、前沿性以及重大關(guān)鍵、共性技術(shù)研究，為漁業(yè)發(fā)展提供新理論、新技術(shù)和新方法。加強學(xué)科建設(shè)的系統(tǒng)性，強化基礎(chǔ)和特色優(yōu)勢學(xué)科，培植新興學(xué)科，形成一流的學(xué)科布局。創(chuàng)新機制，培養(yǎng)高水平學(xué)術(shù)帶頭人，形成結(jié)構(gòu)合理的高素質(zhì)人才隊伍。組織國際和全國性學(xué)術(shù)交流，提高合作和交流水平。創(chuàng)新運行機制，完善管理制度，搭建資源共享服務(wù)平臺。利用創(chuàng)新能力條件建設(shè)，提升科技條件。發(fā)揮產(chǎn)學(xué)研合作優(yōu)勢，加強成果轉(zhuǎn)化和產(chǎn)品集成示范，促進(jìn)產(chǎn)業(yè)發(fā)展。
“十二五”啟動學(xué)科群建設(shè)以來，科技創(chuàng)新水平顯著提高，綜合實力穩(wěn)步提升。2011-2014年，學(xué)科群承擔(dān)科研項目2185項，合同經(jīng)費13億元，到位經(jīng)費超過8億元；新上項目1771項，合同經(jīng)費8.7億元，到位經(jīng)費4.5億元。通過協(xié)同創(chuàng)新和分工合作，提高了基礎(chǔ)和應(yīng)用基礎(chǔ)研究水平，以及解決重要科技問題和產(chǎn)業(yè)技術(shù)需求能力，自主創(chuàng)新成果突出，推進(jìn)了產(chǎn)業(yè)發(fā)展。發(fā)表論文3930篇，其中SCI 論文1138篇，授權(quán)專利850項；成果獲獎162項，其中國家科技進(jìn)步二等獎1項，省部獎勵86項；育成8個國家水產(chǎn)養(yǎng)殖新品種。落實條件建設(shè)專項經(jīng)費8000萬元，有效促進(jìn)了科研條件保障和科技資源共享能力提升。建立了杰出人才培養(yǎng)和創(chuàng)新團(tuán)隊建設(shè)新模式，5人入選全國農(nóng)業(yè)科研杰出人才及其創(chuàng)新團(tuán)隊。國際合作交流取得新突破，形成了開放合作的良好運行機制。
農(nóng)業(yè)部組織了2015年度農(nóng)業(yè)部第一批重點實驗室評估工作，作為6個評估試點學(xué)科群之一，綜合性實驗室組織所屬重點實驗室和科學(xué)觀測實驗站開展評估，淡水漁業(yè)種質(zhì)資源與利用綜合性重點實驗室等3個單位在評估中獲得優(yōu)秀。
