2011年7月8日，農業部農科教發〔2011〕8號文確定了由30個“學科群”組成的農業部重點實驗室體系布局。30個重點實驗室學科群中，水產領域有2個，其中“淡水漁業與種質資源利用”學科群依托中國水產科學研究院淡水漁業研究中心。
學科群設淡水漁業與種質資源利用綜合性重點實驗室1個，淡水水產生物技術與遺傳育種、淡水生物多樣性保護、熱帶亞熱帶水產資源利用與養殖、淡水生物繁育、淡水水產種質資源和淡水漁業健康養殖6個專業性重點實驗室，大宗淡水魚類繁育與健康養殖技術1個企業重點實驗室和黑龍江流域、長江中上游、長江下游、珠江中下游、黃河中上游、黃河下游、北方地區、湖泊和西北地區漁業資源環境9個科學觀測實驗站。另有漁用藥物創制、水產品加工和漁業裝備與工程技術3個跨學科群重點實驗室和水產動物營養與飼料1個跨學科群科學觀測實驗站加入本學科群。本學科群共有1個綜合性重點實驗室、10個專業性重點實驗室和10個科學觀測實驗站，涉及農業部直屬單位、部屬農業高校、省級科研教學單位和產業化龍頭企業16個，固定人員600余名。
學科群的定位根據國家科技發展戰略，按照現代漁業發展需求，圍繞制約產業發展的關鍵問題，承擔國家重大科研任務，培育重要科技成果，加強人才培養和團隊建設，創新組織管理與運行機制，促進開放合作，提升基礎條件，將學科群打造成開展科技創新、培育創新成果、凝聚高水平人才的重要基地。發展建設目標針對產業發展的科技需求，提出重大科學問題，凝練科研目標，爭取國家重大科技計劃，組織開展基礎性、前沿性以及重大關鍵、共性技術研究，為漁業發展提供新理論、新技術和新方法。加強學科建設的系統性，強化基礎和特色優勢學科，培植新興學科，形成一流的學科布局。創新機制，培養高水平學術帶頭人，形成結構合理的高素質人才隊伍。組織國際和全國性學術交流，提高合作和交流水平。創新運行機制，完善管理制度，搭建資源共享服務平臺。利用創新能力條件建設，提升科技條件。發揮產學研合作優勢，加強成果轉化和產品集成示范，促進產業發展。
“十二五”啟動學科群建設以來，科技創新水平顯著提高，綜合實力穩步提升。2011-2014年，學科群承擔科研項目2185項，合同經費13億元，到位經費超過8億元；新上項目1771項，合同經費8.7億元，到位經費4.5億元。通過協同創新和分工合作，提高了基礎和應用基礎研究水平，以及解決重要科技問題和產業技術需求能力，自主創新成果突出，推進了產業發展。發表論文3930篇，其中SCI 論文1138篇，授權專利850項；成果獲獎162項，其中國家科技進步二等獎1項，省部獎勵86項；育成8個國家水產養殖新品種。落實條件建設專項經費8000萬元，有效促進了科研條件保障和科技資源共享能力提升。建立了杰出人才培養和創新團隊建設新模式，5人入選全國農業科研杰出人才及其創新團隊。國際合作交流取得新突破，形成了開放合作的良好運行機制。
農業部組織了2015年度農業部第一批重點實驗室評估工作，作為6個評估試點學科群之一，綜合性實驗室組織所屬重點實驗室和科學觀測實驗站開展評估，淡水漁業種質資源與利用綜合性重點實驗室等3個單位在評估中獲得優秀。
