2017年，根據農業部安排，原國家羅非魚產業技術體系經過擴容調整，正式更名為國家特色淡水魚產業技術體系，涉及包含羅非魚、鮰、鱖、鱸、鱧、鰻、黃顙、泥鰍、鱔、鱘、鮭鱒等11種特色淡水魚。體系主要圍繞特色淡水魚產業鏈各環節需求，實施重點研發計劃，進行共性技術和關鍵技術研究、集成和示范；收集、分析特色淡水魚產業及其技術發展動態與信息，為政府決策提供咨詢，向社會提供信息服務，為養殖戶開展技術示范和技術服務，為產業發展提供全面系統的技術支撐；推進產學研結合，加強原始創新和融合創新，大力推進特色淡水魚產業轉型升級和結構調整，提升漁業區域創新能力，增強我國特色淡水魚的競爭力。
體系研發中心建設依托單位為中國水產科學研究院淡水漁業研究中心，下設6個功能研究室，分別掛靠在農業部、中國科學院和省級水產研究院（所）等的6個研究院所，為：遺傳改良研究室，主要開展特色淡水魚良種選育和種質資源評價，篩選快速生長、抗逆、抗病品系，建立標準化良種苗種繁育技術體系，建立適合各地實際情況的環境協調型養殖模式；營養與飼料研究室，主要研發特色淡水魚綠色飼料，開展鱸鱧鱖活魚餌料替代技術、平衡植物蛋白源的氨基酸技術研究及精準投飼技術等研究；疾病防控研究室，主要研究特色淡水魚病害快速診斷技術、研制新型化藥、疫苗、免疫增強劑等新型藥物并提供安全用藥的技術與指導，建立綜合的防控技術體系；養殖與環境控制研究室，開展特色淡水魚設施化生態養殖關鍵技術研究與示范，探索適合我國特色淡水魚養殖現狀的節水、節能、生態、高效的養殖模式；加工研究室，主要研究商品魚高效保活運輸技術、羅非魚深加工技術、加工副產物利用技術、質量安全監控技術等；產業經濟研究室，開展特色淡水魚產業市場變化、生產要素變化、產業發展與產業政策、產業安全預測預警、建立并完善產業安全評價指標體系。同時，在19個省、市、區設立綜合試驗站，主要掛靠在省級水產研究所、推廣站、國家水產良種場和水產龍頭企業。結合區域實際，收集技術需求和基礎數據，觀測區域產業發展動態，聯合崗位專家熟化和示范研發成果。
目前，體系共聘用崗位科學家33人，團隊成員165人；綜合試驗站站長19人，團隊成員76人，示范縣95個，技術推廣骨干285人。集聚全國80%以上的產業人才和研發能力。
現代農業產業技術體系“十三五”啟動大會暨首席科學家工作會議在北京召開
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國家特色淡水魚產業技術體系召開“十三五”重點任務編制會
